Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan telah bekerjasama dengan berbagai instansi baik dari Perguruan tinggi, Sekolah, Bidang usaha, Pemerintahan, dan Rumah Sakit. Bentuk kerjasama dari masing-masing instansi tersebut diantaranya: Pendidikan, Penelitian, Pengabdian, Pengembangan Kelembagaan, SDM, Sarana/Prasarana, Publikasi, HKI, Paten, dan Teknologi Pembelajaran.

Universitas Internasional

1. Capiz State University, Philippines
2. Aklan State University, Philippines
3. International Alatoo University
4. Budapest Business School, Hungaria
5. RUDN University (Peoples' Friendship University of Rusia)
6. Tomsk State University, Rusia
7. Lyceum of the Philippines University, Philippines
8. Malaysia, Philippines, Thailand (SEA-Teacher Project)
9. University Tun Hussein Onn Malaysia
10. University Pendidikan Sultan Idris, Malaysia
11. AIMS Institutes

Universitas Nasional

1. Universitas PGRI Yogyakarta
2. Universitas Negeri Yogyakarta
3. Universitas Negeri Semarang
4. Universitas Muhammadiyah Purworejo
5. Universitas Tribhuwana Tunggadewi
6. Universitas Bina Sarana Informatika
7. Universitas Islam Sultan Agung Semarang
8. Universitas Riau Kepulauan
9. Universitas Tanjungpura
10. Universitas Muhammadiyah Bandung
11. Politeknik Kesehatan Kemenkes Pangkalpinang
12. Sekolah Tinggi Ilmu Ekonomi Indonesia
13. STMIK Nusa Mandiri
14. UIN Raden Fatah Palembang

Persekolahan

1. SMA Kesatuan Bangsa Bilingual Boarding School
2. SMA Negeri 4 Yogyakarta
3. SMA Negeri 1 Depok Sleman
4. SMA Negeri 1 Mlati Sleman
5. SMA Negeri 1 Pengasih
6. SMA Negeri 1 Yogyakarta
7. SMA Negeri 1 Sedayu
8. Madrasah Aliyah Negeri 1 Sleman
9. SMA Negeri 1 Seyegan

Bidang Usaha

1. LKP Rumah Sehat Mandiri
2. Permata Sports Therapy Yogyakarta
3. EightGym Indonesia
4. Point Workout Space
5. HBP Fitness & Aerobic
6. PT Gamatechno Indonesia
7. PT. Marvel Sukses Pratama
8. Friend Zone Cafe
9. Hanny Private
10. Redaksi Tribun Jogja
11. CV. Bina Unggas
12. Koperasi Setya Bawana (Kopinkra Seni Kerajinan Keramik Kasongan)
13. Paguyuban Kerajinan Tenun dan Serat Alam "TEGAR"
14. Paguyuban Batik Giriloyo
15. Paguyuban Bambu Indah
16. Yayasan Dana Sejahtera Mandiri

Pemerintahan

1. Pemerintah Kota Yogyakarta
2. Pemerintah Kabupaten Sleman
3. Pemerintah Kabupaten Bantul
4. Pemerintah Kabupaten Kulon Progo
5. Kantor Pelayanan Pajak Pratama Kabupaten Bantul
6. Kementerian Desa, Pembangunan Daerah Tertinggal, dan transmigrasi
7. Perpustakaan dan Arsip Kab. Kulon Progo
8. Balai Penelitian Bahan Alam LIPI
9. Dinas Pariwisata Kota Yogya
10. Balai Besar Kulit, Karet dan Plastik (BBKKP)
11. Lembaga Permasyarkatan Kelas II A Yogyakarta
12. KONI Bantul

Rumah Sakit

1. Rumah Sakit Daerah Penembahan Senopati Bantul
2. Rumah Sakit Jiwa Prof. dr. Soerojo Magelang
3. Rumah Sakit Jiwa Grhasia Daerah Istimewa Yogyakarta
4. Rumah Sakit Jiwa Daerah Dr. RM. Soedjarwadi Provinsi Jawa Tengah
5. Rumah Sakit Ibu dan Anak Permata Bunda